Uždarosios akcinės bendrovės Viešųjų investicijų plėtros agentūros (VIPA) akcininkas yra Lietuvos Respublikos finansų ministerija, kuri priima sprendimus dėl VIPA įstatų tvirtinimo, stebėtojų tarybos narių skyrimo ar atšaukimo, finansinių ataskaitų rinkinio tvirtinimo, pelno (nuostolio) paskirstymo, įstatinio kapitalo didinimo ar mažinimo ir kitus klausimus pagal kompetenciją.

VIPA valdymas ir organizacinė struktūra buvo formuojama atsižvelgiant į tarptautinius ir nacionalinius korporatyvinio valdymo principus Ekonominio bendradarbiavimo ir plėtros organizacijos EBPO bei Baltic Institute of Corporate Governance (BICG) rekomendacijas Lietuvai dėl valstybės valdomų įmonių savarankiškumo, skaidrumo ir efektyvumo didinimo, NASDAQ OMX Vilnius listinguojamų bendrovių valdymo kodeksu, Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2010 m. liepos 14 d. nutarimu Nr. 1052 „Dėl Valstybės valdomų įmonių veiklos skaidrumo užtikrinimo gairių aprašo patvirtinimo“, Valstybės turtinių ir neturtinių teisių įgyvendinimo valstybės valdomose įmonėse tvarkos aprašu, patvirtintu Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2012 m. birželio 6 d. nutarimu Nr. 665 „Dėl Valstybės turtinių ir neturtinių teisių įgyvendinimo valstybės valdomose įmonėse tvarkos aprašo patvirtinimo“. Priežiūros kolegialūs organai atrinkti vadovaujantis LR Vyriausybės 2015 m. birželio 17 d. nutarimu Nr. 631 „Dėl kandidatų į valstybės ar savivaldybės valdomos bendrovės visuotinio akcininkų susirinkimo renkamą kolegialių priežiūros ar valdymo organą atrankos aprašo patvirtinimo“.

VIPA korporatyvinio valdymo sistema apima ir skatina skaidrumą, bendradarbiavimą visuose valdymo lygiuose siekiant bendrų lūkesčių, veiklos rodiklių įgyvendinimo, užtikrina valdymo, priežiūros ir funkcijų atskyrimą, akcininko interesų apsaugą bei politinės įtakos eliminavimą vidaus valdyme. VIPA kolegialūs organai veikia efektyviai ir nepriklausomi nuo politinės įtakos, dauguma stebėtojų tarybos narių nepriklausomi nariai, atitinkantys skirtingas kompetencijos ir keliamus reikalavimus, tiesiogiai atskaitingi akcininkui. Valdybos nariai yra VIPA darbuotojai, juos renka stebėtojų taryba. Patvirtintų įstatų Lietuvos Respublikos finansų ministro 2013 m. vasario 8 d. įsakymu Nr. 1K-059 „Dėl uždarosios akcinės bendrovės Viešųjų investicijų plėtros agentūros įstatų patvirtinimo“ aktualioje redakcijoje yra aiškiai apibrėžtos kolegialių organų atsakomybės sritys.

Tinkama VIPA valdymo kokybė užtikrina investuotojų ir akcininkų pasitikėjimą ir tai yra esminis dalykas, siekiant pritraukti tiek vietines, tiek užsienio investicijas, išlaikyti investuotojus, didinti VIPA konkurencingumą. VIPA valdymo struktūra palanki būti nacionaline plėtros įstaiga ir leidžia efektyviau pasinaudoti Europos strateginio investicijų fondo (EFSI) lėšomis ir derinti EFSI finansavimą su ES struktūriniais ir investiciniais fondais bei kitomis finansinėmis priemonėmis srityse, kuriose pasireiškia finansavimo trūkumas ar nepakankamumas, užtikrinti viešajam sektoriui svarbių investicinių projektų finansavimo mechanizmus nuosavo kapitalo, tarptautinių finansinių institucijų ir privataus sektoriaus lėšomis.